тогда давай поподробнее:
1) какой был результат полной проверки компа утилитой от веба? проверял весь комп или только флешку?
Проверь папку C:\Documents and Settings\имя\Local Settings\Application Data\
Если в ней есть файлы с расширением .exe - это вирус, удали
2) Дальше, вернемся к файлику с расширением .bat
Ты его создал, закинул в корень флешки, запустил (надо запусткать только в корне флешке и нигде больше). Что при этом и после этого произошло, опиши подробно.
и 3) а в САМОМ тотал коммандере у тебя включен в настройках показ скрытых системных файлов и папок?

__________________
Бу!