Геммы, блин, будут храниться в инвентаре - но юзать их можно только раз.
Потом - успех втраивания геммы,а также будет ли она работать на 100%, будет зависеть от... некоего навыка/професси, а также можно усложнить - добавив зависимость от мудрости/интеллекта перса, встраивающего гемму.

Можно ввести жесткое ограничение - не более 1-2-3 гемм в шмотке.
Можно поставить взаимоисключающие условия.
Можно еще много-чего.

Главное - что с геммами:
1 - создаются новые типы вещей
2 - остается легкость в "опознании" шмотки игроком

Так что предлагаю остановиться на варианте с геммами/рунами
тем более, изначально это предусматривалось в ТЗ