Ну вот, начали про одно, закончили про другое...

Склонки, плюшки, лаги и прочая ересь, мне кажется, не уместна в данной теме, ибо автор конкретно выставляет вопрос о положении ведения войн в данном проекте...
В чем-то согласен с H TOWN, система не совершенна, но предложенное мне кажется излишне суровым…

Я бы не стал ограничивать игровое время персонажа, а подумал в другом направлении:
Например количество, так называемых, фрагов. Клан, который нарубит определенное кол-во голов (допустим 500) выиграл войну… Соответственно проигравшая сторона должна будет энную сумму мн. Кол-во голов должно выставляться программно, так же как и сумма за проигранную битву, исходя из суммарного опыта, кол-ва человек, вообщем боеготовности клана. ЭКВ, травмы и прочее оставить без изменений…

Мне кажется будет интересней) Соответственно добавить рейтинг кланов по кол-ву выигранных войн, и вот исходя из этого уже давать плюшки и т.п…
Вообщем идею примерно обрисовал…

Это один из вариантов не более, а ограничивать время персонажа в игре из-за "сервер в наст. время обслуживает ваш запрос" не лучшая идея.